La reprise de Noirmoutier par les républicains, aux premiers jours de l’année 1794, a ensanglanté l’île jusqu’au cœur de l’été. Le dernier massacre eut lieu le dimanche 3 août, dans les dunes de la Clère.
La Croix du Magnificat et la plaque commémorative
Entassés dans l’église Saint-Philbert, les prisonniers vendéens furent d’abord conduits sur la grève, au lieu-dit la Vache, pour y être exécutés par centaines*. L’amoncellement des corps, inhumés sommairement et découverts par les marées, infecta Noirmoutier au risque de provoquer des épidémies.
Les autorités communales décidèrent par conséquent de les transférer au nord de l’île, dans les dunes de la Clère. Les victimes de la Terreur viendront s’ajouter à ces charniers des mois durant.
Un dernier convoi de vingt-deux personnes, essentiellement des femmes, prit ce chemin à pied depuis le bourg de Noirmoutier, le dimanche 3 août 1794. Liées deux à deux, elles marchèrent au supplice en chantant le Magnificat. On les mena devant deux grandes fosses, puis les soldats les fusillèrent avant de les achever à coups de pelles et de crosses de fusils.
Le Souvenir Vendéen et les Amis de Noirmoutier ont posé une plaque en 1976 sur la croix dite du Magnificat, en mémoire de ces vingt-deux victimes du 16 thermidor an II (3 août 1794), et pour les 1.500 autres prisonniers vendéens exécutés en masse sous la Terreur. Cette croix se situe au nord de Noirmoutier, dans l'allée Pierre L'Ermite.
* Les prisonniers les plus célèbres furent fusillés sur la place d’Armes, devant le château. On jeta les corps de d’Elbée et de ses compagnons dans les douves ; Mesdames d’Elbée et Jacobsen furent quant à elles enterrées au lieu-dit le Cheminet près de l’actuel presbytère.